По окончании гимназии в 1886 г. Герман фон Петц поступил на физико-математический факультет Санкт-Петербургского университета по естественному разряду.
В 1890 г. Герман окончил курс наук с дипломом 1-й степени и по предложению первого профессора геологии Университета А.А. Иностранцева оставлен в Университете при кафедре геологии для приготовления к профессорскому званию.
В этом же году по поручению Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей продолжил исследования в южных частях Рязанской и Тульской губерний.
22 декабря 1891 г. Герман Германович был избран действительным членом Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей по отделению минералогия и геология, а в октябре 1892 г. был назначен хранителем Геологического кабинета университета. Эту должность он занимал до своей кончины.