Педагогическая деятельность Н.А. Елисеева началась с самого начала работы в ЛГУ, продолжилась в ЛГИ. Но с особым блеском Н.А. развернул свои педагогические способности, будучи уже зрелым исследователем, по возвращении в Ленинградский университет в 1947 г. Здесь он читал лекции по структурной петрологии, физико-химическим основам петрографии, методам петрографических исследований, а с 1949 г. – впервые в СССР разработанный им курс метаморфизма, который читался только на кафедре петрографии ЛГУ. На основе этих лекций за сравнительно короткий срок Н.А. Елисеев создал оригинальные по замыслу и выполнению учебники: «Структурная петрология» (1953), «Методы петрографических исследований» (1956), «Составление диаграмм по структурному и микроструктурному анализу» (1957), «Метаморфизм» (1-е издание 1959, 2-е переработанное – 1963). Эти книги принадлежат к лучшим образцам учебников по соответствующим разделам науки, составлены с учетом всей современной литературы, содержали новые теоретические разработки и служили росту не одного поколения геологов.
Будучи большим специалистом в области изучения кристаллических пород, Н.А. Елисеев обобщил свой более чем тридцатилетний педагогический и практический опыт в книге «Методы петрографических исследований» (1956). В частности, Н.А. впервые дал изложение «двойного теодолитного метода Е.С. Федорова, а также впервые включил в качестве рядового петрографического метода «метод двойниковых триад» Л.А. Варданянца.
«Ученик Н.А. Елисеева Д.А. Михайлов вспоминал, что Н.А. любил в науке строгий порядок и даже придавал ему романтические свойства, находя особую содержательность в уже известных явлениях. В науке он не делал серьезных прорывов, но находил в каждом явлении особые краски и познавательную привлекательность. Поэтому написанные им учебники для студентов были настоящими научными монографиями» (Глебовицкий, 2008).