Андрей Дмитриевич Миклухо-Маклай родился 24 июля 1914 г. в семье племянника знаменитого путешественника, ученого этнографа и антрополога Н. Н. Миклухо-Маклая – Дмитрия Сергеевича М.-М. Детство и юность его прошли на Украине и в Ленинграде. В 1933 г. Андрей Дмитриевич поступил в Ленинградский университет, в 1938 г. с отличием его окончил и был оставлен при кафедре исторической геологии; аспирантской темой являлись фораминиферы верхнего палеозоя Средней Азии, с которой еще в студенческие годы были прочно связаны его научные интересы. Война прервала блестяще начатую работу, превратив молодого аспиранта в солдата, и только в 1945 позволила ему вернуться к научным исследованиям. Последние двадцать лет были целиком связаны с ЛГУ, профессором которого он стал в 1962 г.