Агат окрашивается за счет наличия примесей в составе. Например, соединения железа могут придавать агату красные, коричневые или желтые оттенки, а марганец — розовые или фиолетовые цвета.
Полированный образец агата концентрически-зонального строения с зонами белого, лилового и коричневого цветов.