Елена Ивановна, самая младшая из восьми детей в семье Ивана Васильевича и Ольги Николаевны Рукавишниковых, родилась в 1876 году.
И.В. Рукавишников управлял семейными предприятиями, был совладельцем, а потом обладателем главного пакета акций Ленских золотых приисков, приобрёл опыт горного инженера и значительно приумножил семейное и личное состояние. Его жена Ольга, в девичестве Козлова, была дочерью первого президента Российской императорской академии медицины. Рукавишниковы тратили большие суммы денег на воспитание своих детей, а также занимались благотворительностью и состояли в нескольких благотворительных советах Петербурга.
Сведений о том, как проходило детство и юность Елены Ивановны, почти не сохранилось. Но опираясь на общие тенденции того времени можно предположить, что Елена получила хорошее домашние образование, включающее обучение живописи, музыки, рукоделию.