В 1893 г. А.А. Иностранцев возглавил Геологическую часть Кабинета Его Императорского Величества. Летом 1894 -1896 г. осуществлял экспедиционные геологические работы на С. Алтае. Съёмочные работы на Алтае в целом проводились по 1915 г. Обработка результатов этих и последующих работ на Алтае не была завершена, обсуждалась после 1917 г. с Горным Департаментом. После его переезда в г. Москву вышла из-под контроля и не финансировалась.
Ознакомление с железорудными месторождениями Шории позволило А.А. Иностранцеву сделать заключение, что залежи тяготеют к сильно измененным порфиритовым туфам, обогащенным эпидотом, гранатом и другими минералами. Эти данные, по его мнению, дают ключ к поискам в Шории новых месторождений магнитного железняка.