Начавшаяся первая мировая война поставила В.М. Тимофеева под угрозу мобилизации. Профессор А.А. Иностранцев обратился с рапортом к ректору Университета с просьбой ходатайствовать об освобождении его от воинской повинности. В нем, в частности, говорилось: «Исполнение В.М. Тимофеевым обязанностей ассистента считаю крайне необходимым для правильного функцио-нирования вверенного мне учреждения, т.к. на обязанности его лежит не только ведение всей хозяйственной части кабинета, но и наблюдение за работами в химической лаборатории и участие в руководстве практическими занятиями студентов и также лекционное ассистирование».
Рапорт был удовлетворен, но к перечисленным в нем обязанностям создавшаяся в стране обстановка добавила новые. Так, в 1914 и 1915 гг. В.М. Тимофеев был привлечен к геологическим исследованиям в Западном Алтае в составе геологических партий, занятых изучением территории Кабинета его Императорского величества. Геологическая часть Кабинета по обслуживанию обширных земельных владений царской семьи, созданная в 1894 г., возглавлялась профессором А.А. Иностранцевым, и в ней систематически были заняты геологи Г.Г. Петц, Б.К. Поленов, И.П. Толмачев, С.А. Яковлев и др. В.М. Тимофеев был привлечен в помощь Б.К. Поленову.
О характере и результата х проведенных там исследований никакой информации пока нет, большая часть «Трудов геологической части Кабинета» не была издана. Лишь два полевых сезона провел В.М. Тимофеев за пределами Карело-Кольского региона, но и в эти годы изыскивал возможность совершать экскурсии по Карелии.