А.Д. Миклухо-Маклаю принадлежат десятки статей и крупные монографические исследования, посвященные верхнепалеозойским (карбон, пермь) и отчасти триасовым фораминиферам Средней Азии, Кавказа, Закавказья, Крыма, Южного у рала, Мангышлака Северо-Восточной Сибири, Приморья, Сихотэ-Алиня, Корякского хребта. Выдающееся значение среди этих региональных палеонтологических и биостратиграфических исследований имеют работы по Средней Азии: Тянь-Шаню, Южной Фергане, Памиру и Дарвазу. Целую серию статей он посвятил различным вопросам систематики и филогении фораминифер, их палеоэкологии, явлениям гомеоморфии и конвергенции.
Значительным вкладом в разработку этих общих вопросов палеонтологии по фораминиферам является вторая часть известной его монографии «Верхний палеозой Средней Азии» (1963), где рассматривается 185 родов фораминифер (около 30 из них установлено самим А. Д. Миклухо-Маклаем) и делаются важнейшие обобщения в систематике и филогении.