При всей широте и многообразии палеонтологических интересов М.Э. Янишевского, нетрудно указать ту группу ископаемых, которая пользовалась особой его любовью и в области познания которой им сделано исключительно много. Это каменноугольные и особенно нижнекарбоновые плеченогие (брахиоподы). Им уделено главное внимание в работах раннего периода его деятельности - магистерской и докторской диссертациях, посвященных комплексному анализу нижнекаменноугольных фаун восточного склона Южного Урала. В дальнейшем Янишевский описывал плаченогих из каменноугольных отложений Средней Азии, различных районов Сибири и Восточно-Европейской платформы (Новгородская область). Многие из этих работ стали классическими и пользуются мировой известностью. Венцом этой группы работ является капитальная монография, посвященная нижнекаменноугольным плеченогим Северо-Западного крыла Подмосковного бассейна, над которой Янишевский трудился почти 20 лет и корректуру которой он правил, превозмогая тяжкие страдания в последние дни своей жизни.