Замещение мягких и твердых тканей растений и животных сульфидами (пиритом, марказитом, сидеритом) связано с разложением органического вещества без доступа свободного кислорода в относительно глубоководных участках водных бассейнов. Пиритизированные остатки растений и беспозвоночных широко распространены в осадочных породах разного возраста. Скопления их могут слагать месторождения железных руд, в которых сохраняются псевдоморфозы различных частей организмов (например, трубки погонофор в сульфидных месторождениях девона Южного Урала).
В дальнейшем по трещинам в породе к пиритизированным органическим остаткам может поступать кислород и вода, что приводит к разложению пирита и замещению его гидроокислами железа (лимонитом) – происходит лимонитизация, или ожелезнение растительных и животных органических остатков.