Война застала В.И.Лебедева, тогда еще ассистента кафедры минералогии, в экспедиции на берегу Ладожского озера, где ученые изучали пегматитовые жилы. Страшная весть застала их уже на следующий день после начала войны. А 24 июня они были в Ленинграде. И сразу — в военкомат. Первое назначение лейтенанту Лебедеву дали в небольшой эстонский городок — Эльву.
Первую, самую страшную блокадную зиму Василий Ильич служил в своем родном городе. Он был командиром взвода батальона охраны гарнизонных объектов Ленинграда. В июле 1942 года Василий Ильич получил новое назначение: командиром начальника штаба оперативной части 93-го пулемётно-артиллерийского батальона, который располагался в районе Невской Дубровки. Василий Ильич вспоминал: «Невскую Дубровку немцы обстреливали особенно сильно. И потери у нас были большими. Особенно досаждали снайперы. Но становилось очевидным од¬но: немцам недолго осталось хозяйничать на берегах Невы. Росло наше мастерство, боевая мощь, желание как можно быстрее отомстить и разгромить врага.
И такой момент наступил. Под мощными ударами Советской армии фашистская блокада сначала лопнула, а вскоре и рухнула окончательно. Началось наступление для бойцов 93-го пулеметного батальона — в январе 1944 г.».