Особое внимание Н.А. уделял в своих работах структурному анализу рудных полей – одной из актуальнейшей и важнейшей проблем геологии. Им сделан существенный вклад в разработку вопроса о закономерной приуроченности рудопроявления к различным структурным элементам интрузивных тел.
Много труда вложено Н.А. Елисеевым в разработку и усовершенствование микроструктурного анализа кристаллических горных пород. Им, в частности, на конкретных объектах (Криворожье и др.) доказана целесообразность микроструктурного изучения метасоматитов. До работ Н.А. не предполагалось наличия в этих породах анизотропных узоров. Он показал широкое распространение в метасоматитах линейно-параллельной ориентировки минералов, отраженной в их микроструктурных узорах, часто сходных с узорами обычных тектонитов. Важное значение имеют исследования Н.А. Елисеева (Кольский п-ов, Украина), посвященные изучению последовательности процессов минералообразования и выяснению влияния различных факторов – одностороннего давления, тектонических деформаций и других – на структуру пород, выполненные на основе микроструктурного анализа.