После переезда в Петербург М.Э. Янишевский до конца своей жизни много времени уделял палеонтологическому исследованию нижнего палеозоя северо-запада России и Прибалтики, сделав очень много в деле уточнения возраста древнейших слоев осадочного покрова Восточно-Европейской платформы.