С ноября 1923 г. кафедра обосновалась на 16-ой линии (д. 29, построен в 1906 году) Васильевского острова, где в настоящее время находится Палеонтологический музей СПбГУ и кафедра осадочной геологии. М.Э. Янишевский писал, что приходилось много хлопотать о расширении помещения, так как часть отведенной для кафедры площади была занята. Одно время в ее помещении располагалась квартира проф. Сергея Анатольевича Толкачева (профессор химического факультета Университета), который вместе с семьей после наводнения 1924 г. переехал из первого этажа на второй. Достаточно долгое время (до Второй мировой войны включительно) семья профессора жила на кафедре палеонтологии.
Сам М.Э. Янишевский жил в соседнем здании с кафедрой (во дворе) в одной из профессорских квартир (которые несколько раз менял), сейчас на месте этих квартир находятся кафедра ихтиологии и гидробиологии СПбГУ, кафедра агрохимии, Институт физиологии им. акад. А. А. Ухтомского.