Много времени и энергии отдавал М.Э. Янишевский организаторской и научно-общественной деятельности. В период работы в Геологическом Комитете М.Э. Янишевский возглавлял секцию Европейской России, а позднее был заведующим съемкой в Ленинградском отделении Комитета и руководил Четвертичной комиссией. Он принимал деятельное участие в организации Музея Геологического комитета (ныне Центральный научно-исследовательский геологоразведочный музей имени академика Ф.Н.Чернышева).