В 1902 году М.Э. Янишевский был приглашен Владимиром Афанасьевичем Обручевым для создания кафедры палеонтологии в Томском технологическом институте (ныне - Национальный исследовательский Томский политехнический университет). В том же году М.Э. Янишевский организует в институте Палеонтологический кабинет. Михаилу Эрастовичу суждено было стать основоположником сибирской палеонтологической научной школы. Десятилетний отрезок его работы в Томске был для него чрезвычайно плодотворным и насыщенным. За эти годы он разработал оригинальный курс палеонтологии, совершил множество экспедиций по Уралу и Западной Сибири, несколько раз выезжал в заграничные командировки в Европу и Северную Америку. Совместно с ассистентом и старшим лаборантом кафедры палеонтологии П.А. Казанским М.Э. Янишевский перевел с немецкого учебник Штейнмана «Введение в палеонтологию», который много лет оставался единственным русскоязычным учебным пособием по науке об ископаемых организмах.